依托广东省、深圳市及南科大的优质资源，医学院在科研方面成绩卓越。截至2023年11月，医学院在研项目累计280项，累计经费超过2.51亿元。纵向科研项目共231项；国家级项目96项，其中科技部项目8项（课题负责5项），国自然85项；广东省项目23项；深圳市项目82项；其他类项目15项；横向项目49项。发表SCI文章990余篇，包括Nature Reviews Molecular Cell Biology，Nature Neuroscience，Hepatology，Bone Research，Nature Metabolism，Nature Communications，Journal of Clinical Oncology等国际高水平期刊杂志。
