数学系成立于2015年6月，现有基础数学、计算与应用数学、概率论与金融数学三个学科方向，包含动力系统、代数、组合数学、数论、代数几何、偏微分方程、数学物理与微分几何、应用数学、计算数学、概率论、金融数学、拓扑等12个主要研究领域。
数学系自成立以来，已初步建立一支国际化的一流师资队伍，现有教研序列教师42人，100%具有海外学习或工作经历。有4位院士，3位杰青。其中2人是国际数学家大会45分钟报告人，5人有四大数学顶尖杂志论文，2人独立获国家自然科学奖二等奖，1人获古根海姆奖（Guggenheim Fellowships），30余人次担任国际期刊主编、副主编、编委。
我系教师共获批120余项以南科大为单位的项目（80项国家级项目，其中国自然重点项目3项）。2018年11月，数学学科入选广东省高等教育“冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科。2019年，获批广东省重点实验室一项。
数学系志在为国家培养出创新意识高、能力强、有理想的高水平数学人才。已开设金融数学、数学与应用数学两个本科专业。已获批教育部数学一级学科硕士、博士学位授权点，同时与香港大学、香港科技大学、新加坡国立大学等境外知名高校长期联合培养博士研究生。2019年10月成功获批数学学科博士后科研流动站。
本专业毕业生除了可以继续攻读研究生或留学深造，还可以到党政机关、高等院校、科研部门从事管理、教学、科研工作，也可到银行、证券投资公司、计算机公司、保险公司或其他高新技术企业，从事软件开发、市场调研与分析、电子商务等工作。
数学系的本科生培养目标是，培养具有扎实基础、深厚功底、广泛视野和活跃思维的数学人才。根据同学在纯粹数学、应用数学或是应用科学方面的兴趣，因材施教，为他们在数学学习、学术交流和升学深造方面创造条件，帮助他们成长为出色的数学工作者或是其它方面的青年学子。
2012年教育部批准金融数学为经济学的一个特设专业。现在已经有60多所高校获得了金融数学本科专业授予权备案。而这些学校都是在数学学院或数学系招生和培养，毕业时学生可以获得经济学学士学位。
我国从2015年开始了期权的交易。而且随着网络技术的迅速发展，通过计算机编程再通过网络进行高频交易的规模也将越来越大。另一方面，防范金融危机的发生，维护金融市场的稳定，也迫切需要金融风险管理的人才，他们也需要有非常扎实的金融建模和定量分析的能力。因此金融市场对于有良好的数学基础，有熟练的计算机编程能力，又懂金融的人才的需求越来越迫切。办好金融数学专业,为我国金融事业培养高端金融人才有重要意义。
金融数学的本科生培养目标是培养具有良好的职业道德素养，有扎实的金融数学理论基础，较高的数据处理和计算机编程能力和外语水平，富有创新和进取精神，能够在各类金融机构从事金融数据处理，模型分析，量化投资与风险管理等高层次、应用型、复合型金融专门人才;并为学生毕业后继续深造攻读研究生打好理论基础。
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